Zmiany w uchwalonej ustawie wynikają z konieczności wyeliminowania przepisów budzących wątpliwości interpretacyjne, nakładających obowiązki trudne do realizacji, oraz z braku pewnych rozwiązań – co zostało dostrzeżone w praktyce. Zmiany dotyczą m.in.: wyeliminowania konieczności obecności w organie paszportowym osób małoletnich do lat 5 przy składaniu wniosku o wydanie dla nich paszportu tymczasowego, rezygnacji z wymogu obecności osób małoletnich i ubezwłasnowolnionych całkowicie przy odbiorze dla nich dokumentów paszportowych. Wprowadzono zmiany przy wydawaniu paszportu tymczasowego, rezygnując w określonych sytuacjach, z wymogu osobistego złożenia wniosku i odbioru paszportu tymczasowego. Określono przypadki i powody, w których nie zamieszcza się w paszporcie podpisu i odcisków linii papilarnych.
Nowelizacja uregulowała zasady unieważniania paszportów z powodu zmiany danych w nich zawartych, jednoznacznie określiła sytuacje, w których tej samej osobie może być wydany drugi paszport, dokonała rozdzielenia kompetencji w zakresie spraw paszportowych pomiędzy ministra właściwego do spraw wewnętrznych, a ministra właściwego do spraw zagranicznych. Doprecyzowane zostały zasady ustalania właściwości miejscowej organów paszportowych I instancji i zmieniono delegacje ustawowe do wydania rozporządzeń wykonawczych do ustawy, które pozwolą w sposób pełny uregulować przedmiotowe przepisy.

W dniu 8 września 2008 roku, do uzgodnień międzyresortowych przekazany został projekt Rozporządzenia Rady Ministrów w sprawie opłat za wydanie dokumentu paszportowego oraz ich zwrotu – który jest wykonaniem zmienionej delegacji ustawowej zawartej w art. 11 ust. 1 ustawy z dnia 13 lipca 2006 r. o dokumentach paszportowych.
W projekcie rozporządzenia wprowadzono trzy podstawowe opłaty paszportowe w zależności od rodzaju i okresu ważności dokumentu paszportowego. W zaproponowanych przepisach uregulowano sprawy dotyczące zwrotu wniesionej opłaty paszportowej w przypadku wydania decyzji o unieważnieniu paszportu. Wysokość opłaty podlegającej zwrotowi ustalana będzie w drodze decyzji administracyjnej, a zwrot tej opłaty będzie możliwy tylko po zwróceniu unieważnionego paszportu.